学院现有植物保护一级学科硕士学位授权点，每年招生35人左右；农业硕士（资源利用与植物保护、农艺与种业，每年分别招生50人左右）专业学位授权点；生态学一级学科博士点（与生命科学学院共建）。

1.导师队伍

现有植物保护学术学位硕士研究生导师34人，资源利用与植物保护专业学位研究生导师25人，农艺与种业专业学位研究生导师23人。此外，外聘中国科学院、中国农科院、北京市农林科学院、黑龙江省农业科学院、黑龙江省科学院、哈尔滨市农科院、北大荒垦丰种业有限公司等行业、企业领域的专家兼任校外导师70余人。

2.支撑平台

学院拥有国家糖料作物改良中心与国家甜菜种质资源中期库2个国家级平台。甜菜种植制度、质量安全与营养品质评价、甜菜高品质品种改良、甜菜营养管理与土壤肥料、甜菜种质资源鉴定与新种质创新5个国家甜菜产业技术体系研究室。农业农村部甜菜品质监督检验测试中心、农业农村部糖料产品质量安全风险评估实验室2个部级平台。黑龙江省农药工程技术研究中心、黑龙江省甜菜工程技术研究中心2个省级工程技术中心。

2022年，黑龙江兰西油豆角科技小院、黑龙江七台河油豆角科技小院、黑龙江双城玉米科技小院、黑龙江依安甜菜科技小院以及内蒙古呼伦贝尔甜菜科技小院等5个科技小院入选第一批国家级支持建设行列。2023年北大荒垦丰种业科技小院等7个科技小院入选黑龙江省首批建设项目。

3.全方位育人模式

根据学生本科专业背景、一志愿报考方向、研究兴趣等，实施科技小院、研究生实培、黑土地保护”、“种业振兴”等计划，与校外有影响力的科研院所、知名企业等进行联合培养，校外导师实质性指导论文研究。优化研究生培养方案，联通学业产业就业，增强培养目标与产业行业的结合度。瞄准行业产业重大需求，以问题为导向，以“职业胜任”为目标，开展全方位协同育人。从2022级开始，农业硕士人才培养方案中将理论课程由一学年调整为一学期，让研究生早进课题、早进实验室、早进团队，强化科研育人、实践育人。学制由2年调整为3年。根据学生职业发展目标，开展师生互选，引导学生进入科研院所、行业企业等开展课题研究，促进了人才培养与社会需求的有效衔接。